Junto al CALA, se ubica el Santuario de la Naturaleza Laguna Conchalí, con una superficie de 50,4 hás. Cuenta con la calificación de Sitio Ramsar Internacional por su riqueza de flora y fauna, especialmente en temporada estival, donde se transforma en un punto de descanso para más de 100 especies de aves migratorias del hemisferio norte.

 Gracias al trabajo de recuperación del ecosistema, en 2000 la Laguna Conchalí recibe la categoría de conservación de Santuario de la Naturaleza. El sector tiene una enorme riqueza de especies de aves, llegando a un total acumulado de 119 especies (101 residentes habituales y 18 migratorias).

En cuanto a otros grupos de fauna se pueden observar algunos mamíferos como zorros chillas, cururos, coipos, quiques, ratón Oliváceo, ratón orejudo de Darwin y la Yaca (marsupial), entre otros. En cuanto a flora, en el sector del humedal se registran alrededor de 100 especies de plantas vasculares, muchas de ellas especies nativas y endémicas que poseen algún grado de conservación, ya sea en peligro de extinción o vulnerables.

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Desde 2018, Minera Los Pelambres asumió el compromiso de conservación del Cerro Santa Inés, ubicado en la localidad de Pichidangui, entre las regiones de Coquimbo y Valparaíso. El objetivo es la protección de sus 714 hectáreas y su bosque de olivillo, que representa un invaluable valor ambiental que permitió que el 4 de junio de 2020, fuera declarado oficialmente Santuario de la Naturaleza a solicitud de la compañía, lo que permitirá resguardar más de un centenar de especies nativas y endémicas, 22 de ellas bajo categoría de conservación.

A través de la Resolución de Calificación Ambiental (RCA) N°0176/2018, Minera Los Pelambres obtuvo la autorización para desarrollar un Plan de Conservación, que considera:

• Camino de acceso para vecinos y visitantes. Sigue el trazado de la huella existente, evitando nuevas intervenciones, con la autorización de CONAF.
• Centro de visitantes con una capacidad limitada de 60 personas. Su diseño busca máxima eficiencia y ahorro energético por el arquitecto Teodoro Fernández, Premio Nacional de Arquitectura 2014.
• Pasarelas construidas con el objetivo de la proteger la condición de bosque de olivillo y evitar la erosión del terreno.
• Dos miradores para la contemplación del bosque.

El resguardo de la diversidad del Cerro Santa Inés considera también la ejecución de un Plan de Manejo del Santuario, que considera:

• Programa de conservación de germoplasma: se recogerán muestras y semillas, en coordinación con el programa de investigación científica.
• Programa de protección de recursos naturales: Vigilancia y protección ambiental con brigadas especializadas, señalética, mantención de cercos, protección y alerta frente a incendios forestales e instalación de puntos de agua.
• Programa de investigación: para generar conocimiento científico de la autoecología y dinámica de regeneración de las especies de alto valor de conservación.
• Programa de educación e interpretación ambiental: para potenciar en la comunidad conductas de conservación de los recursos naturales del Cerro Santa Inés, en particular del bosque relicto.
• Programa de administración, mantención e infraestructura, con el objetivo de administrar esta área durante la operación.